神奇宝贝波加曼在出场时，食物被小火焰猴偷吃，与小火焰猴大打出手，闹出一场风波，但也因此认识了小光，在与小光一同克服困难后，成为小光第一只神奇宝贝，由于不想进化，所以携带了不变石。
小光的波加曼和小智的皮卡丘是动漫中的好朋友，当然，两只精灵呆在一起这么久也互相染上了对方的一些性情，比如……不想进化什么的。
DP120，得知立浪镇要办宝可梦华丽大赛的小光，正在为华丽大赛做特训。小光的宝可梦们就像平常一样，活力十足的跑出精灵球。但是，只有波加曼莫名的没精神。
大家都担心它是不是哪里不舒服，波加曼却还是逞强表示没事。这时候，波加曼的身体突然开始发光！大家都为这进化的征兆感到兴奋，波加曼却不知为何使用“忍耐”放出进化的能量！很高兴看到波加曼进化的小光，无法理解它的行动。
究竟拒绝进化的波加曼，真正的想法是什么？
为了好看？
原来波加曼非常不希望自己成为波皇子。在和火箭队冲突之后，小光终于理解了波加曼的心情，并得到了不变之石，使它避免了进化。
小光的波加曼是第二只克制自己进化的宝可梦，第一只是妙蛙种子。
为了好看？
在玛力露波加曼电击怪中，波加曼喜欢上了一只玛力露，然而有一只野生的电击怪也在追求玛力露。当三只宝可梦和小光以及大家分开时，波加曼努力在帮助玛力露，然而电击怪在这方面却占着优势。
在这之后，玛力露决定和电击怪一起，这让波加曼十分伤心。
第二季中，和丹特的花椰猴对战，此时已经学会了钻孔啄和急冻光线和头槌（以前的技能只保留了泡沫光线）。后喜欢上了美洛耶塔，与小智的水水獭是情敌，经常打架。